Les empreses en línia difereixen en necessitats i despeses operatives, però comporten molts dels mateixos costos que fan altres empreses. Calcular les despeses empresarials implica determinar les despeses previstes per a serveis públics, mobiliari i producte. Les empreses en línia probablement requereixen accés a Internet fiable, ús freqüent d’ordinadors i serveis de comunicacions. És probable que siguin despeses d’ús del telèfon, serveis d’Internet i programari. Els propietaris de llocs web comporten taxes relacionades amb la creació i manteniment del lloc. Les empreses que venguin un producte poden pressupostar els costos del producte i poden cobrar impostos sobre les vendes dels clients. Si es guarda algun inventari, es podrà llogar un espai d’emmagatzematge a un preu que costi l’empresa. Moltes d’aquestes despeses són elegibles per deduccions fiscals empresarials o es poden amortitzar en declaracions d’impost futures.
Els empresaris haurien d’estimar les despeses aproximades com a part d’un pla d’empresa. Els impostos són una despesa habitual per a la majoria de les empreses i hi ha moltes oportunitats per reduir l’obligació fiscal a les petites empreses. Es poden deduir fins a 5.000 dòlars en despeses d’inici en el primer any. Es poden deduir, per exemple, taxes de consultoria, assistència professional i publicitat. Altres despeses, com ara despeses de propietat i vehicles, es poden deprendre durant la vida útil de l’actiu. No es poden deduir els actius amortitzats. La depreciació s'aplica generalment a les despeses de capital.
Les despeses permanents poden incloure serveis públics, despeses de capital i salaris dels empleats. Els salaris poden suposar una despesa important per a empreses en línia. Els propietaris de petites empreses haurien de fer el seguiment de les despeses en curs i buscar les despeses a reduir. Els propietaris d’empreses haurien de demanar assessorament als companys per desenvolupar objectius realistes i despeses planificades com a part d’un pla de negocis formal.
